Die Finanzierung von Fanprojekten erfolgt nach den Richtlinien des „Nationalen Konzepts Sport und Sicherheit“ (NKSS). Diese sehen vor, dass die Fußballverbände bis zu 50 Prozent der Finanzmittel übernehmen, sofern Kommune und Land die erforderlichen Impulsmittel bereitstellen.

Das Fanprojekt Stuttgart e.V. wird finanziert von der Stadt Stuttgart, dem Land Baden-Württemberg sowie der Deutschen Fußball Liga (DFL) und dem Deutschen Fußball Bund (DFB).

Die DFL ist als Ligaverband für alle 36 Vereine der ersten und zweiten Bundesliga zuständig. Der DFB fungiert als Dachverband von 26 Fußballverbänden, untergliedert in 5 Regional- und 21 Landesverbänden. Die Doppelfinanzierung durch DFL und DFB ist insofern eine Besonderheit, da das Fanprojekt Stuttgart e.V. als Trägerverein für beide Stuttgarter Fanprojekte mit dem VfB Stuttgart (1. Bundesliga) und den Stuttgarter Kickers (Oberliga Baden-Württemberg) Bezugsvereine in beiden Verbänden hat.

Die aktuelle Projektfinanzierung ist durch den Haushaltsbeschluss der Landeshauptstadt Stuttgart vom 15. Dezember 2017 für die Kalenderjahre 2018 und 2019 sichergestellt.