Am 1. September 2016 hat sich mit dem eingetragenen Verein „Fanprojekt Stuttgart e.V.“ der Trägerverein des VfB Fanprojekts gegründet. Neben dem VfB Fanprojekt befindet sich auch das „Kickers Fanprojekt“, das sich mit jugendlichen Fußballfans des SV Stuttgarter Kickers beschäftigt unter der Trägerschaft des Fanprojekts Stuttgart e.V.

Die Gründung des Trägervereinswurde initiiert durch die Sportkreisjugend Stuttgart (SKJ) sowie dem Stadtjugendring Stuttgart e.V. (SJR).

Der Vorstand des Fanprojekts Stuttgart e.V. setzt sich paritätisch aus je drei Mitgliedern der beiden beteiligten Organisationen zusammen.